リガンド刺激によりイオンを透過する。どのイオンを透過させるかはイオンチャネルの特性によって異なり、特定のイオンのみを透過するチャネルもあれば、いくつかのイオンを透過させるチャネルもある。
ニコチン性アセチルコリン受容体：アセチルコリン受容体の一種で、ニコチンを結合する特徴がある。ナトリウムイオンを透過する。
グリシン受容体：神経伝達物質としてのグリシン、薬物ストリキニンを結合する。塩化物イオン（塩素イオン）を透過する。
GABA受容体（A型、C型）：塩化物イオンを透過する。
グルタミン酸受容体：神経伝達物質としてのグルタミン酸を結合する。結合する薬物によりNMDA受容体、AMPA受容体、カイニン酸受容体に分けられる。いずれもナトリウムイオン、カリウムイオン、カルシウムイオンなどの陽イオンを透過させるが、透過させるイオンの種類は受容体サブタイプによって異なる場合もある。
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セロトニン受容体3型
イノシトール3リン酸（IP3）受容体、およびリアノジン受容体：いずれも細胞膜でなく小胞体膜にあり、リガンドに反応して小胞体内のカルシウムを細胞質に放出する。前者は細胞内在性のIP3に反応する。後者はアルカロイドのリアノジンに反応することから命名されたが内因性リガンドはcADPR（サイクリックADPリボース）であるとされている。
P2X受容体：ATPなどプリンヌクレオチドの受容体
このほか、受容体とは呼ばないが細胞の膜電位に反応して作動する電位依存性イオンチャネルがある。
ステロイドホルモン受容体：細胞質または核内にあり、リガンドが結合すると特定の遺伝子のDNA配列に結合してその遺伝子を活性化する。内分泌攪乱物質の結合ターゲットとしても考えられている。