名田を中心とする収取体制（これを名体制または名田制という）は、11世紀～12世紀以降、一円化して領域制を高めつつあった荘園にも導入された。荘園内の田地は名田へ再編成され、田堵らが名田経営と領主への貢納を請け負った。領主への貢納のうち、国衙領でいう官物にあたるもの（田地からの収穫米）が年貢と呼ばれるようになった。
こうして成立した年貢は、その後の中世・近世を通じて、支配層の主要な財源として位置づけられ、被支配層にとっては年貢を負担する義務が課され続けたのである。
鎌倉時代になると、商品経済が発展していき、貨幣流通が増加し、中には銭貨で年貢を納入する代銭納が行われるケースも出てきた。ただし、そうしたケースは非常にまれで、物納された年貢を荘官や地頭が換金することの方が多かった。室町時代に入ると、貨幣経済が一層進展し、年貢の銭納または代銭納（銭貨による年貢納入）が畿内を中心に広く普及するようになった。
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安土桃山時代に実施された太閤検地により、一つの土地に対する重層的な支配・権利関係がほぼ全て解消された。一つの土地の耕作者がその土地の唯一の権利者となり、土地の生産力は米の見込生産量である石高で計られることとなった。年貢については、石高を村落全体で集計した村高（むらだか）に応じた額が、村の年貢量とされ、年貢納入は村落が一括納入の義務を負う村請（むらうけ）の形態が採用された。江戸時代になっても、太閤検地による村落支配体制はほぼそのまま継承され、村請制がとられた。
江戸時代前期の年貢徴収は、田を視察してその年の収穫量を見込んで毎年ごとに年貢率を決定する検見法（けみ-）を採用していたが、年によって収入が大きく変動するリスクを負っていたことから、江戸中期ごろになると、豊作・不作にかかわらず一定の年貢率による定免法（じょうめん-）がとられるようになった。だが、例外も存在した。米が取れない地域の一部では商品作物等の売却代金をもって他所から米を購入して納税用の年貢に充てるという買納制が例外的に認められていた。だが、江戸時代中期以後商品作物の生産が広まってくると都市周辺部の農村など本来は米の生産が可能な地域においてもなし崩しに買納制が行われていき、江戸幕府さえもが事実上の黙認政策を採らざるを得なくなった。
1873年（明治6年）の地租改正により年貢は廃止されることとなる。しかし、その後も小作料を年貢と呼ぶ慣習が残った。